Reporte de vigilancia genómica SARS-CoV-2¶
Se muestran gráficas descriptivas de los números de casos analizados y secuenciados durante la vigilancia de SARS-CoV-2 en el Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de Salud. Este reporte se genera con el apoyo de la red de laboratorios que actualmente envía muestras para diagnóstico y/o vigilancia genómica. Para consultas escribir al correo vigilanciagenomicacovid19@gorgas.gob.pa
Casos confirmados por día en Panamá¶
Casos confirmados en Panamá según datos del Minsa compilados en el website de Johns Hopkins University (JHU) COVID-19 Dashboard. Este dato incluye resultados de PCR para SARS-CoV-2, y de detección de antígeno de los laboratorios del Instituto Gorgas, MINSA, CSS y laboratorios privados. La lista de laboratorios avalados para realizar biología molecular de SARS-CoV-2 se puede consultar en el siguiente enlace.
Casos confirmados por día en Panamá¶
En esta gráfica se representan los casos diarios positivos desde marzo 2020 hasta la fecha más reciente, estos datos se actualiza diariamente.
Casos confirmados por mes en Panamá¶
En esta gráfica se representan los casos mensuales positivos desde marzo 2020 hasta la fecha más reciente.
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Vigilancia Molecular de SARS-CoV-2, Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud¶
Marzo 2020 a Agosto 2021
Resultados de pruebas moleculares para la detección de SARS-CoV-2 realizadas en el ICGES, a partir de las muestras recibidas de sitios en donde no se realiza el diagnóstico molecular de SARS-CoV-2.
Número de pruebas mensuales realizadas para diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 en el ICGES¶
Número de muestras recibidas para diagnóstico molecular en el ICGES, agrupadas por mes desde marzo 2020 hasta la fecha más reciente. Actualizado mensualmente.
Porcentaje diario de positividad según diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 realizado en el ICGES¶
Porcentaje diario de resultados positivos de las pruebas moleculares (PCR) realizadas en el ICGES en las muestras recibidas, la linea punteada indica el 5% de positividad, la linea discontínua representa el 30% de positividad. Actualizado mensualmente.
Vigilancia de variantes a través de protocolo de PCR en tiempo real¶
Evaluación de la caída del gen S en protocolos de PCR en tiempo real (Sdrop)
Para realizar esta vigilancia se analizan las corridas realizadas por PCR en tiempo real para verificar si se clasifican como fallo en la amplificación del gen de la espícula (spike) (SGFT siglas en ingles). Este fenómeno se observa en variantes Omicron y no en variantes Delta, por lo que podemos usar como una aproximación para determinar la probable variante involucrada, entre probable Delta o problable Omicron, un grupo de las muestras realizadas son posteriormente elegidas para realizar confirmar por secuenciación.
Proporción de muestras positivas por Sdrop para variantes Delta vs Omicron.¶
Determinación realizada del 11 al 30 de diciembre en el Instituto Conmemorativo Gorgas (derecha), y del 20 de diciembre al 03 de Enero 2022, Unidad de diagnóstico NAT del CHDrAAM-CSS (izquierda). Los puntos representan la cantidad de muestras positivas usando el protocolo TaqPath COVID-19 por día.
Resultados de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Panamá¶
Enero 2021 a Marzo 2022
Casos secuenciados en Panamá por mes¶
Esta gráfica muestra los casos secuenciados en Panamá agrupados por mes para. Los datos se actualizaran mensualmente.
Porcentaje relativo de linajes o variantes de preocupación o interés observados en Panamá por mes¶
Porcentaje relativo de linajes de preocupación observados en Panamá. Desde el inicio de la pandemia hasta la fecha más reciente. Los datos se actualizan mensualmente.
Linajes observados en Panamá 2020 a 2022¶
Cuadro jerárquico de la cantidad de linajes observados desde el inicio de la pandemia Hasta Agosto 2021 en Panamá.
Resultados de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en Panamá, Enero a Marzo 2022¶
Cuadro jerárquico de la cantidad de linajes observados en Enero 2022, Se muestran el linaje, número de positivos y porcentaje.
Cuadro jerárquico de la cantidad de linajes observados en Febrero 2022, Se muestran el linaje, número de positivos y porcentaje.
Cuadro jerárquico de la cantidad de linajes observados en Marzo 2022, Se muestran el linaje, número de positivos y porcentaje.
Distribución geográfica de los casos de variante Omicron observados en Panamá¶
Marzo 2022
Distribución geográfica de los casos de variante Omicron observados en Panamá desde su aparición en diciembre 2021, hasta el último la ultima secuenciacion disponible en 30 de diciembre de 2021.
Número de muestras aisladas de acuerdo al linaje de SARS-CoV-2¶
Agosto 2021
Representación gráfica de la cantidad de aislados del SARS-CoV-2 para cada linaje detectado en el país.
Artículos científicos revisados por pares generados en el Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud¶
- Franco D. et al 2021 Early Transmission Dynamics, Spread, and Genomic Characterization of SARS-CoV-2 in Panama Emerging Infectious Disease
- Diaz Y. et al 2021 SARS-CoV-2 reinfection with a virus harboring mutation in the Spike and the Nucleocapsid proteins in Panama International Journal of Infectious Diseases
- Sanchez J. et al 2021 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 detected in placentas of 2 coronavirus disease 2019–positive asymptomatic pregnant women—case report
- Hesse S. et al 2021 Case Report: First Confirmed Case of Coinfection of SARS-CoV-2 With Choclo orthohantavirus