Se ejecutan los análisis físicos, químicos y nutricionales de acuerdo a los diferentes programas de alimentos, aguas y nutrición, para las autoridades sanitarias e industria alimentaria, con el fin de contribuir a la salud pública, la protección al consumidor y el libre comercio, manejando los aspectos técnicos de las metodologías de ensayo y ejecutando el control de calidad, a través de programas de Interlaboratorio e Intralaboratorio. 

El desarrollo de los métodos analíticos como la volumetría, gravimetría, espectrofotometría, cromatografía, actúan como mecanismos de control, a fin de evidenciar la calidad de los alimentos las aguas para el consumo humano.

El Departamento de Química de Alimentos y Aguas cuenta con las siguientes secciones de trabajo:

• Sección de Química General

• Sección de Química Elemental.

• Sección de Cromatografía.

• Sección de análisis de Agua para consumo humano.

• Sección de Desarrollo Químico Analítico