Actuar como organismo de apoyo, docencia y asesoría del Ministerio de Salud y demás instituciones del sector salud, en materia de investigación en salud e higiene pública, diagnóstico clínico – epidemiológico, evaluación de tecnología sanitaria y formulación de políticas de investigación.

Diseñar, promover, coordinar y ejecutar programas de investigación y estudios en las ciencias de la salud, para producir y adecuar conocimientos y tecnologías que contribuyan con el desarrollo humano sostenible.

Promover la celebración de convenios y acuerdos de cooperación, para el desarrollo del conocimiento en salud, con entidades públicas y privadas, nacionales o extranjeras.

Ofrecer servicios de información y documentación sobre la salud, a las instituciones del sector salud y al público en general.

Investigar, evaluar y proponer la tecnología adecuada para mejorar la salud de la población en los distintos ámbitos sanitarios, sin perjuicio de las funciones atribuidas al Ministerio de Salud.

Prestar servicios como Laboratorio Central de Salud e Higiene Pública, de conformidad con las normas y los parámetros aceptados y adoptados a nivel nacional e internacional y evaluar los reactivos e insumos de laboratorio en el ámbito de la salud pública.

Establecer, reglamentar y cobrar las tasas por los servicios que preste a las entidades públicas y privadas, salvo las excepciones previstas para el Ministerio de Salud.

Fiscalizar el cumplimiento de la Ley 78 que reestructura y organiza el ICGES y establecer, reglamentar y ejecutar sanciones correspondientes que se establezcan para tales propósitos.

Colaborar con el Órgano Ejecutivo en el establecimiento de normas nacionales para regular la investigación con seres vivos, de acuerdo con los principios bioéticos y las normas internacionalmente aceptadas, en particular con seres humanos.

Fortalecer el funcionamiento del Comité Nacional de Bioética de la Investigación, el cual tendrá un carácter consultivo vinculante y elaborará su propio reglamento que será aprobado por el Órgano Ejecutivo.

Ejercer todas las demás funciones necesarias, en el marco del cumplimiento de los objetivos de la Ley que lo reestructura y organiza y sus reglamentos complementarios.