La sección de microbiología clínica brinda servicios de referencia y diagnóstico y desarrolla actividades de vigilancia epidemiológica, calidad y procedimientos en técnicas moleculares por PCR de punto final y PCR en tiempo real, detectando unos 350 genes bacterianos.

Para apoyar el trabajo en salud pública, también se implementan otras metodologías como la espectrofotometría de masa MS y la electroforesis de campo pulsado PFGE para la investigación de brotes.

Actúa como punto focal para la captura, acumulación, procesamiento estandarizado y diseminación de los datos como apoyo a los programas en la toma de decisiones.

Se mantiene una constante coordinación con el Departamento de Epidemiología del Ministerio de Salud en el Sistema de Vigilancia de las Enfermedades de Notificación Obligatoria (Decreto 248 del 17 de agosto de 2001) y se apoyan a los planes nacionales para desastres naturales y tecnológicos en la intervención local inmediata: identificación precoz de agentes patógenos, participando activamente en la búsqueda y caracterización de eventos inusuales o inesperados, incluyendo efectos terroristas.